Deportivo Maipu fué el primer equipo de Mendoza en participar en los torneos Nacional B organizados por la A.F.A. Participó en total en seis de dichos torneos. Desde 1986 hasta 1992.

En general tuvo campañas mediocres, excepto la primera (1986/1987) en la que pudo clasificar a la segunda ronda (Torneo octogonal para el segundo ascenso) quedando eliminado octavos de final por Colon (Santa Fé). En los demas torneos deambuló por la mitad de la tabla de posiciones, luchando con el promedio para no descender, hasta que en el torneo 1991/1992, despues de una campaña pobre descendió y regresó a participar en la Liga Mendocina de Futbol.

En total jugó 252 partidos. Consiguió 233 puntos producto de haber ganado 77 partidos, empatado 79 y perdido 96. Marcó 271 goles y recibió 307 goles en contra. El máximo goleador fué Roberto Jaime Corró con 29 goles.